Prolongation d'arrêt de travail et mutuelle entreprise : quels sont vos droits ?

Écrit par La rédaction Meilleurtaux . Mis à jour le 30 juillet 2026 .
Temps de lecture : 6 min

Lorsque vous êtes en arrêt de travail, quelle qu’en soit la raison, il est tout à fait possible que celui-ci soit prolongé. Mais comment faire pour obtenir la prolongation de cet arrêt de travail et quels sont vos droits ? Meilleurtaux fait le point avec vous.

Comment fonctionne la prolongation d'un arrêt de travail ?

Une prolongation d’arrêt de travail intervient lorsque votre état de santé ne permet pas encore une reprise de votre activité professionnelle à la date prévue.

Contrairement à un nouvel arrêt maladie, la prolongation permet de conserver la continuité de votre indemnisation. Cela évite notamment un nouveau de lai de carence dans certains cas.

Les démarches et délais d'envoi pour le salarié

Les démarches restent les mêmes que pour l’arrêt initial. Vous devez transmettre :

• Les volets 1 and 2 à la CPAM.
• Le volet 3 à votre employeur.

L’envoi des documents à l’employeur doit être effectué dans les 48 heures suivant la prescription de la prolongation.

En cas de retard, la CPAM peut réduire vos indemnités journalières de 50% sur la période concernée, sauf si vous pouvez justifier d’une hospitalisation ou d’une impossibilité d’effectuer les démarches dans les temps.

Qui peut prescrire la prolongation de l'arrêt maladie ?

En principe, la prolongation de l’arrêt maladie doit être prescrite par :

• Votre médecin traitant.
• Le médecin ayant établi l’arrêt initial.

Toutefois, certains professionnels peuvent aussi prolonger votre arrêt dans des situations précises :

• Le remplaçant de votre médecin.
• Un médecin spécialiste consulté à la demande du médecin traitant.
• Un médecin hospitalier.

Bon à savoir Depuis 2024, les règles de téléconsultation ont été renforcées. Une prolongation prescrite en vidéo par un autre médecin que votre médecin habituel ne peut pas dépasser 3 jours pour être indemnisée.

Quel est l'impact d'une prolongation sur la mutuelle d'entreprise obligatoire ?

Pendant un arrêt maladie, votre contrat de travail est suspendu, mais vous restez salarié de l’entreprise. La question du maintien de la mutuelle durant un arrêt de travail dépend alors de votre situation salariale et de votre convention collective.

Le maintien des garanties de santé pendant l'arrêt prolongé

En cas d’arrêt de travail prolongé, le maintien de la mutuelle d’entreprise dépend principalement du versement ou non d’une rémunération par l’employeur.

Si vous continuez à percevoir un complément de salaire en plus des indemnités journalières de la Sécurité sociale, les garanties de votre mutuelle collective sont logiquement maintenues. Vous conservez alors les mêmes remboursements santé qu’un salarié en activité.

En revanche, si votre arrêt ne donne lieu à aucune indemnisation de l’employeur, la mutuelle peut être suspendue. Dans ce cas, vous ne bénéficiez plus automatiquement de votre couverture santé, sauf si votre convention collective ou un accord d’entreprise prévoit son maintien.

Qu'advient-il des cotisations de la mutuelle collective ?

Lorsque la mutuelle est maintenue, les cotisations restent dues. Si vous continuez à percevoir un salaire, votre participation est prélevée normalement sur votre fiche de paie. En revanche, en cas de bulletin de salaire sans rémunération, several solutions existent selon les entreprises :

• Prélèvement bancaire direct.
• Régularisation au retour dans l’entreprise.
• Paiement exceptionnel par le salarié.

Certaines conventions collectives prévoient également que l’employeur continue à financer tout ou partie des cotisations pendant l’arrêt prolongé.

Indemnisation et salaire : que touchez-vous en cas d'arrêt prolongé ?

Le rôle des indemnités journalières de la CPAM (IJSS)

En principe, le montant des indemnités journalières n’est pas modifié. Ainsi, elles représentent 50% du salaire journalier de référence, comme lors de l’arrêt initial.

En cas d’accident du travail, les indemnités journalières sont plus avantageuses qu’en arrêt maladie classique. Elles sont calculées à partir de votre salaire brut du mois précédant l’arrêt.

Pendant les 28 premiers jours d’arrêt, vous percevez 60% de votre salaire journalier de base.

À partir du 29e jour, ce taux passe à 80%, ce qui permet de limiter davantage la perte de revenus en cas d’arrêt prolongé.

Le montant des indemnités est toutefois plafonné et ne peut pas dépasser votre salaire journalier net. Votre convention collective peut également prévoir un complément de salaire versé par l’employeur.

Les indemnités journalières ne peuvent être supérieures à 42,97 € bruts.

Jusqu’à 6 mois d’arrêt, vous devez :

• Justifier de 150 heures travaillées au cours des 3 derniers mois.
• Ou justifier d’une cotisation de 6 mois précédant l‘arrêt de travail sur la base d’une rémunération à hauteur de 1 015 fois le SMIC horaire.

Pour un arrêt de plus de 6 mois, vous devez :

• Justifier d’une affiliation à la Sécurité sociale de plus de 12 mois.
• Avoir travaillé 600 heures au cours des 12 derniers mois.
• Ou avoir cotisé à hauteur de 2 030 fois le SMIC horaire durant les 12 derniers mois.

Le rôle de l'employeur et la prévoyance

La mutuelle santé ne verse pas de complément de salaire. Ce rôle appartient au contrat de prévoyance.

Dans certaines entreprises, l’employeur complète les indemnités journalières afin de limiter la perte de revenus. Ce maintien de salaire dépend :

• De votre ancienneté.
• De la convention collective.
• Du contrat de prévoyance souscrit par l’entreprise.

Après un un d’ancienneté, le Code du travail impose un maintien de salaire partiel du salaire pendant une durée limitée.

Certaines garanties de prévoyance permettent même de conserver jusqu’à 80% ou 90% du revenu habituel pendant un arrêt longue durée.

Questions fréquentes sur la prolongation de l'arrêt maladie (FAQ)

Que faire en cas d'envoi tardif de la prolongation à l'employeur ?

Dans cette situation, commencez par prévenir votre employeur dès que possible et transmettez les documents sans attendre. Un retard ponctuel ne conduit pas automatiquement à une sanction, surtout si l’employeur était déjà informé de votre arrêt initial. En revanche, une absence injustifiée ou répétée peut entraîner une sanction disciplinaire, voire un licenciement. Du côté de la CPAM, un retard peut provoquer une réduction de 50% des indemnités journalières.

La mutuelle obligatoire fonctionne-t-elle en cas de temps partiel thérapeutique ?

Oui, dans la majorité des cas. Le temps partiel thérapeutique permet une reprise progressive de l’activité après un arrêt maladie. Le salarié continue de bénéficier de la mutuelle collective dans les mêmes conditions qu’avant son arrêt. Le salarié perçoit alors un salaire correspondant au temps travaillé et des indemnités journalières complémentaires versées par l’Assurance maladie.