Arrêt de travail de l’indépendant : quelles indemnités journalières (IJ) ?

Écrit par Laura P. . Mis à jour le 13 juin 2025 .
Temps de lecture : 11 min

Comme les salariés, les travailleurs indépendants malades peuvent avoir besoin de s’arrêter. Si un arrêt maladie leur est prescrit, ils sont éligibles au versement d’indemnités journalières (IJ) par l’Assurance Maladie. Des conditions doivent être remplies, comme un an d’affiliation continu dans son activité. Dans cet article, nous vous expliquons tout ce qu’il y a à savoir sur la couverture obligatoire et facultative du travailleur indépendant en cas d’arrêt de travail.

Comment fonctionne le système de protection sociale pour les indépendants ?

Avant le 1er janvier 2020, la gestion de la protection sociale des artisans, commerçants, professionnels libéraux, micro-entrepreneurs était assurée par le régime social des indépendants (RSI). Depuis, ce dernier est intégré au régime général de la Sécurité sociale. Cette réforme n’a pas fait évoluer les droits des travailleurs indépendants.

Les indépendants ont dorénavant 3 grands interlocuteurs :

• L’URSSAF de leur région, pour les cotisations sociales.
• La caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) du lieu de résidence habituel, concernant la santé.
• La caisse d’assurance retraite et de la santé au travail (CARSAT) du lieu de résidence habituel, pour la retraite.

Pour s’affilier à la Sécurité sociale des indépendants (ex-RSI), rien de plus simple. Il suffit, dans un premier temps, de déclarer votre début d’activité. La déclaration doit être remplie en ligne, sur le site web du guichet unique. Ensuite, vous recevez automatiquement une notification d’affiliation à la Sécurité sociale des indépendants. Elle est accompagnée d’une présentation du régime et des interlocuteurs.

Dès la création de votre entreprise, vous avez la possibilité de créer un compte sur le site internet de l’URSSAF, de l’Assurance retraite et de l’Assurance Maladie (ameli.fr). Ces 3 espaces personnels vous servent à gérer votre protection sociale en toute facilité.

Si vous êtes salarié ou bénéficiez d'une mutuelle d'entreprise, elle peut venir compléter votre couverture santé en fonction des garanties proposées par votre employeur. Cela permet de bénéficier de remboursements supplémentaires pour vos frais médicaux.

Travailleur indépendant : où envoyer son arrêt de travail ?

Vous êtes malade ? Votre médecin traitant vous a prescrit un arrêt de travail, car votre état de santé le requiert ? Le document remis par ses soins, l’avis d’arrêt de travail, doit être envoyé dans un délai maximum de 48 h à votre caisse primaire d’assurance maladie (CPAM). Selon votre situation, il convient aussi de l’adresser à votre employeur ou France Travail (ex-Pôle emploi). C’est une étape indispensable pour être indemnisé.

1er cas de figure : prescription d’un arrêt maladie en ligne

Votre médecin peut vous remettre seulement une feuille (le volet 3). Dans ce cas, les volets 1 et 2 de l’avis d’arrêt de travail ont été télétransmis via internet à votre CPAM. De votre côté, vous devez transmettre le volet 3 à votre employeur.

Vous êtes au chômage, touchez ou pouvez toucher l’allocation des travailleurs indépendants (ATI) ? Vous avez 48 h pour envoyer le volet 3 à votre agence France Travail (ex-Pôle emploi). Il doit être adressé avec votre notification d’admission à l’allocation d’aide au retour à l’emploi (ARE) et votre dernier relevé de situation.

2e cas de figure : prescription d’un arrêt maladie sur un formulaire papier

Votre médecin peut aussi vous remettre un avis d’arrêt maladie papier, comportant 3 feuilles. Vous disposez alors de 48 h pour compléter, puis envoyer les volets 1 et 2 par courrier postal à votre CPAM. Adressez le volet 3 à votre agence France Travail (ex-Pôle emploi) ou à votre employeur, selon votre situation. Il ne précise pas le motif de votre arrêt de travail, ce renseignement étant couvert par le secret médical.

Attention aux changements à venir : un nouveau formulaire Cerfa plus sécurisé est désormais disponible. Les professionnels de santé sont encouragés à l'utiliser.

À partir du 1er juillet 2025, il deviendra obligatoire pour tout arrêt de travail sous format papier. Votre CPAM n'acceptera plus les scans ou photocopies, ils seront identifiés comme des faux. Pour vous assurer que votre arrêt de travail est authentique, vérifiez qu'il comporte des parties surlignées en orange. Le logo de l'Assurance Maladie doit être de couleur argentée.

Quelles sont les conditions pour toucher les indemnités journalières (IJ) ?

Durant votre arrêt de travail, vos revenus de travailleur indépendant chutent. Pour compenser, des indemnités journalières (IJ) sont versées par l’Assurance Maladie sous certaines conditions. Veillez à conserver sans limitation de durée vos relevés d’IJ, téléchargeables depuis votre compte ameli.fr. En effet, ils valident en même temps vos droits à la retraite.

Pour être indemnisé en cas de maladie, vous devez obligatoirement :

• Disposer d’au minimum un an continu d’affiliation dans votre activité.
• Être dans l’incapacité temporaire de poursuivre ou reprendre votre activité pour cause de maladie.
• Être en possession d’un arrêt de travail pour motif médical prescrit par votre médecin.
• Arrêter votre activité.

Attention, les indemnités journalières ne sont pas cumulables avec le versement d’une pension d’invalidité ou une allocation chômage.

Indemnités journalières : cas particulier des professions libérales non réglementées

Vous exercez une profession libérale dite « non réglementée » ? Votre activité n’est ni commerciale, ni artisanale, ni industrielle, ni agricole ? Vous profitez d’une prise en charge similaire à celle des artisans et des commerçants si vous exercez :

• Une profession libérale non réglementée sous le statut de la micro-entreprise depuis 2018.
• Une profession libérale non réglementée (peu importe le régime fiscal), à compter de 2019.

Indemnités journalières : cas particulier des travailleurs indépendants au chômage

Vous êtes sans emploi ? Vous pouvez percevoir des indemnités journalières si vous :

• Touchez l’allocation des travailleurs indépendants (ATI).
• Avez touché l’ATI au cours de l’année passée.
• Avez cessé votre activité indépendante depuis un an au maximum.

Vos indemnités journalières sont calculées sur la base de vos revenus professionnels des 3 dernières années travaillées, et non sur votre allocation chômage. Si vous avez arrêté votre activité depuis moins d'un an sans toucher d'allocations, vos droits sont étudiés à partir de vos derniers revenus déclarés.

Comment sont calculées les indemnités journalières pour un indépendant ?

En tant que travailleur indépendant, vous percevez durant votre arrêt de travail une indemnité équivalente à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen (Raam). Il se calcule en se basant sur la moyenne de vos revenus cotisés des 3 années civiles avant votre arrêt maladie. Ils sont pris en considération dans la limite du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS). En 2025, il est établi à 47 100 €. Même si votre Raam dépasse les 47 100 €, votre IJ ne peut pas être supérieure à 64,52 € brut (au 1er janvier 2025).

Votre activité indépendante dégage de faibles revenus ? Dans ce cas, le montant de votre indemnité journalière peut être bas, voire nul. Il est égal à 0 € si votre Raam des 3 dernières années civiles est en deçà de 10 % de la moyenne des valeurs annuelles du PASS (4 383,20 € en 2025).

Pour mieux comprendre, prenons un exemple concret. Marc, artisan menuisier, dispose de revenus moyens de 35 000 € sur les 3 dernières années. Son calcul d'IJ est : 35 000 ÷ 730 = 47,95 € d'indemnité journalière brute.

Quand la CPAM verse-t-elle les indemnités journalières ?

Durant les 3 premiers jours de votre arrêt maladie, un délai de carence s’applique. Vous commencez à percevoir des indemnités journalières à partir du 4e jour seulement. Elles sont versées par votre CPAM tous les 14 jours en moyenne.

Dans ces situations, le délai de carence de 3 jours ne s’applique pas :

• Une prolongation de votre arrêt maladie est décidée, après une reprise d’activité de 2 jours maximum entre la fin de votre premier arrêt de travail et le début de l’arrêt de prolongation.
• Votre arrêt maladie est lié à une affection longue durée (ALD). Le délai de carence de 3 jours est alors retenu seulement pour le premier arrêt (valable sur une période de 3 ans).
• Vous êtes en arrêt de travail à la suite d’une interruption spontanée de grossesse (fausse couche).

Comment sont imposées les indemnités journalières d’un travailleur indépendant ?

Vos indemnités journalières de maladie sont assujetties aux prélèvements sociaux, et plus précisément à :

• La contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS), à un taux de 0,5 %.
• La contribution sociale généralisée (CSG), à un taux de 6,2 %.

Elles sont aussi assujetties à l’impôt sur le revenu (IR), hormis celles versées pour un arrêt de travail dû à une affection de longue durée (ALD). Depuis le 1er janvier 2019, l’IR est prélevé à la source sur vos indemnités. Un taux est calculé, puis transmis à l’Assurance Maladie par l’administration fiscale.

Est-ce que les indemnités journalières sont à déclarer aux impôts ?

Le montant des IJ doit être déclaré sur votre déclaration d’impôts annuelle. Pour connaître le montant précis à déclarer, il suffit de télécharger le relevé fiscal sur votre compte personnel ameli, dans la rubrique « Mes documents ». Après avoir sélectionné la période souhaitée, puis validé, le document s’affiche à l’écran.

Comment fonctionne la prévoyance en cas d’arrêt maladie ?

Pour être mieux couvert en cas d’arrêt maladie, il est possible de souscrire un contrat prévoyance indépendant. Il vous aide à maintenir votre niveau de revenus, en complétant les IJ versées par votre CPAM. Vous pouvez, en plus de ce complément de revenus, bénéficier d’indemnités journalières. Elles vous aident à faire face à vos charges professionnelles fixes.

Les avantages fiscaux de la loi Madelin pour votre prévoyance sont calculés selon la formule suivante : 3,75 % de votre revenu professionnel + 7 % du PASS (soit 3 297 € en 2025), dans la limite de 3 % de 8 PASS.

Cette déduction s'applique à l'ensemble de vos contrats santé et prévoyance, ce qui peut représenter une économie d'impôt significative.

Questions fréquentes sur les indemnités journalières pour indépendants

Quelles sont les conditions pour bénéficier des indemnités en cas d'arrêt de travail ?

Pour toucher des indemnités journalières, vous devez justifier de 12 mois d'affiliation continue, être en incapacité temporaire de travailler attestée par un médecin, et cesser réellement toute activité professionnelle. Ces indemnités ne sont pas cumulables avec une pension d'invalidité ou des allocations chômage. Votre dossier doit être transmis dans les 48 heures à votre CPAM, et vos cotisations sociales doivent être à jour pour éviter tout refus de prise en charge.

Comment calculer mes indemnités journalières ?

Vos indemnités correspondent à 1/730e de votre revenu moyen des 3 dernières années, dans la limite du PASS (47 100 € en 2025). Le montant maximum est de 64,52 € par jour pour les artisans/commerçants et 193,56 € pour les professions libérales. Aucune indemnité n'est versée si vos revenus sont inférieurs à 4 383,20 €. Pour les micro-entrepreneurs, le calcul se fait sur le chiffre d'affaires après abattement forfaitaire (71 % pour le commerce, 50 % pour les services artisanaux, 34 % pour les services libéraux).

Quelle est la durée maximale de versement des indemnités ?

La durée d'indemnisation varie selon votre statut :

• 360 jours sur 3 ans pour les artisans/commerçants.
• 90 jours par arrêt pour les professions libérales.
• 60 jours pour les retraités en cumul emploi-retraite.

Les indemnités sont versées après un délai de carence de 3 jours (sauf prolongation, ALD ou fausse couche). En cas de rechute dans les 48 h suivant une reprise, il ne s'applique pas. Les versements s'effectuent tous les 14 jours environ.

Les indépendants ont-ils des droits spécifiques en matière de santé ?

Depuis l'intégration du RSI au régime général en 2020, les indépendants bénéficient d'une protection similaire aux salariés pour les soins, mais avec des spécificités pour les indemnités journalières. Cette couverture de base étant souvent insuffisante, la plupart souscrivent des complémentaires santé et des contrats de prévoyance en complément. La loi Madelin offre des avantages fiscaux pour ces contrats, avec une déduction des cotisations du bénéfice imposable. Les indépendants peuvent aussi solliciter l'action sociale du conseil de la protection sociale (CPSTI) en cas de difficultés.